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DNA Shuffling 试剂盒
产品名称:
DNA Shuffling 试剂盒
产品编号:
YS41440P
产品类别:
生化试剂盒
检测方法:
DNA Shuffling
检测样本:
DNA 模板
[价格]
规格 价格 库存
10次 ¥ 3000 10

产品详情

产品及特点

DNA Shuffling 即DNA 分子的体外同源重组,它是一种分子水平上的定向 进化(directed evolution)技术,它以一个或多个基因为起始材料,通过先随机 断裂成小片段,再进行互为模板和引物的 PCR(无外加引物), 最后再进行常规 PCR(外加引物)等处理,最后得到含有大量 DNA 重组突变的 PCR 产物。其 原理示意图如下:

 

本产品就是根据上述原理优化改进而成,它具有下列特点:

1.  即开即用,用户只需要提供样品 DNA 模板 ,无需单独准备各成分。

2.  可以用于对长度在 1000bp 的同源片段进行 shuffling。

3.  操作手册经过优化, 1-2 天即可完成,节省大量优化时间。

4.  本产品足够 10 次 DNA Shuffling 反应,只适用于科研,不能用于临床。

规格及成分

 

成分

编号

十孔盒包装

 

 

 

PCR MagicMix

90805

1 mL×3

 

 

 

DNase I 溶液(0.1U/μL)

90903a

10 μL

 

 

 

DNA Shuffling 试剂盒溶液 A  10×

131178a

100 μL

 

 

 

DNA Shuffling 试剂盒溶液 B 10×

131178b

100 μL

 

 

 

超纯水

100935

1 mL

 

 

 

使用手册

131178sc

1份

 

运输及保存

低温运输 -20℃保存 ,保存期限一年。

自备试剂

待突变基因片段、DNA Shuffling 引物(第二轮 PCR 引物)、胶回收试剂盒。

 

 

使用方法

1.   提前开启 37℃和 75℃水浴或金属浴。

2.   待突变基因片段的制备:待突变基因片段可以用多个含同源片段的质粒为模 板、用 PCR 法或酶切法制备。制备时需保证含起始同源片段(或此同源片 段的一部分)的 DNA 片段总长度要比 DNA shuffling 终产物(第二轮 PCR 产物)长 200-400 bp ,即第二轮 PCR 的引物位置要在此步模板制备引物 内侧 100-200bp ,第二轮 PCR 产物的长度在 1000bp 以下 。每次 DNA Shuffling 实验至少需要 2  μg 起始同源片段(如果含两个以上同源片段, 则彼此的比例为 1:1:1),最多可以使用 5  μg 起始同源片段,并且必须通过 胶回收的方法回收,以便彻底去除残留的质粒模板、引物和非特异扩增产物 等(如果不去除此步的引物,其将对后续 PCR 造成严重干扰)。最后需用分 光光度法准确定量 ,此溶液即为同源片段 ,放冰上待用。

3.   准备 DNaseI 工作液,将 1  μL  本试剂盒提供的 DNaseI 溶液、8uL 超纯 水、 1 μL DNA Shuffling 试剂盒溶液 A 混合得 DNase 工作液 ,放冰上待  DNase 工作液必须现配现用。

4.   设置同源片段碎片化反应:在一个 PCR 管中,按顺序加入下列成分:

 

成分

用量

同源片段(来于两个以上不同基因)

2-5 μg

DNA Shuffling 试剂盒溶液 A  10×

5 μL

DNA Shuffling 试剂盒溶液 B 10×

5 μL

DNase 工作液

2 μL

补超纯水到

50 μL

5.   充分轻柔吹打混匀后 37℃水浴 8 分钟,然后立即放 75℃水浴处理 10 分钟

以灭活 DNase I。

6.   在 2-3%琼脂糖凝胶上电泳,用常规的胶回收法回收 25-150  bp 范围的所 有片段,分光光度法精确测定回收片段的浓度。此即为回收片段,放冰上待 用。注意:一定要加合适的 DNA marker 以便确定片段范围。

7.    回收片段重组反应:在一干净 PCR 管中加入 0.5 μg 回收片段、50 μL PCR

Mix 3.0、补加超纯水到 100 μL 。反应总体积为 100 μL

8.   按下面的 PCR 反应参数进行第一轮无引物 PCR

 

 

过程

温度

时间

 

 

PCR 前变性

94℃

150 s

 

 

 

PCR 反应  40 循环)

94℃

30 s

 

 

 

47.5℃

45 s

 

 

 

72℃

10 s,每次循环后增加 5s

 

 

PCR 后延伸

72℃

10 min

 

9.   取 5-10  μL 进行电泳检测(本 PCR Mix 含上样成分,可以直接上样。红色 示踪剂的泳动速度相当于 50bp  DNA),然后对预期长度区域的 PCR 产物 进行回收(如果 Shuffling 的同源区域长度为 800bp,则回收 600-1000bp 范围的片段),得到第一轮 PCR 回收产物。

10. 留部分第一轮 PCR 回收产物之后,用超纯水将其分别稀释 10 倍、20 倍和

50 倍 ,放冰上待用。

11. 取第一轮 PCR 回收产物原液、 10 倍稀释液、20 倍稀释液和 50 倍稀释液

 1uL 作为PCR 模板,按下表设置 4 管第二轮 PCR 反应(100μL 体系)。

 

成分

1-4 号管

PCR 模板(4 种)

 1 μL(1 号加原液、2 号加 10 倍稀释液、 以此类推)

PCR MagicMix 3.0

50 μL

自备 DNA Shuffling 引物

每管各加 30 pmol

超纯水

加到 100 μL

12. 按下列 PCR 参数进行 PCR

 

过程

温度

时间

活化

94℃

150 s

 

PCR 反应    25 次循环)

94℃

30 s

47.5℃

45 s

72℃

60 s,每次循环后增加 5s

PCR 后延伸

72℃

10 min

13. 电泳检测 4 个 PCR 产物,回收预期大小的 PCR 产物(根据引物位置估计

预期大小),用于后续克隆和分析实验(略)。

答客问

Q:易错 PCR 和 DNA Shuffling 有何区别?

A:前者引入的是点突变,后者引入的是重组突变。示意图如下:

 

 

 

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