磁珠法土壤&粪便基因组 DNA 抽提试剂盒
产品编号:B618763
包装规格:50 次/100 次
试剂盒组成
组分 50 次
100 次
Buffer CZ
35 mL
70 mL
Buffer SDS
4 mL
8 mL
Buffer SP
10 mL
20 mL
Buffer HTC
12 mL
24 mL
Buffer GA
60 mL
120 mL
Buffer P3
70 mL
140 mL
PureMag Beads
2 mL
4 mL
TE Buffer(pH8.0)
10 mL
20 mL
操作手册
1 份
1 份
保存方法及注意事项
试剂盒中 Buffer HTC 和 PureMag Beads 置于 2~8°C 保存,其余试剂室温保存,有效期详见包装。
Buffer SDS 中含有刺激性化合物,操作过程中应穿上实验服,戴好乳胶手套,避免沾染皮肤、眼睛和衣服,防止吸入口
鼻。沾染皮肤或眼睛后,请立即用清水或生理盐水冲洗,必要时寻求医生的帮助。
产品介绍
1
磁珠法土壤&粪便基因组 DNA 抽提试剂盒是一种土壤&粪便基因组 DNA抽提试剂盒。本产品采用 Buffer CZ 和
Buffer SDS 两种溶液裂解土壤和粪便中的
微生物,
释放出土壤和粪便中的微生物基因组 DNA。本试剂盒中的 Buffer HTC 是
一种腐殖酸清除剂,与 Buffer SP
共同作用,能够清除大部分的腐殖酸和蛋白等杂质。另外,PureMag Beads 选择性吸附
DNA 分子,对腐殖酸和蛋白等杂质的吸附量很少,通过多次洗涤液的洗涤能够完全除去
PureMag Beads吸附的少量杂质。在洗脱液的作用下PureMag Beads释放吸附的基因组DNA,即获得高质量的基因组DNA。
采用本产品提取土壤和粪便基因组 DNA 无需苯酚、氯仿抽提,也无需蛋白酶 K 裂解,获得 DNA 的 OD260/OD280 比值一般为
1.7~1.9,抽提的 DNA 可直接用于后续 PCR 等实验。
标准抽提步骤
自备材料:磁力架、小型高速离心机(最大离心力 ≥ 12,000 × g)、水浴锅、1.5 mL 和 2 mL 离心管、70% 乙醇、RNase A 溶
液(10 mg/mL)。
每次使用前请检查 Buffer SDS 是否出现沉淀,如有沉淀,请于 65 °C 溶解之后使用。
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样品裂解:
a. 土样裂解:称取 250 mg 的土样,加入 600 μl Buffer CZ 和 60 μl Buffer SDS,振荡混匀 3 min,65°C 水浴 20 min,间
或混匀。
b. 粪便裂解:称取 200 mg 固体粪便样本,加入 600 μl Buffer CZ 和 60 μl Buffer SDS,振荡混匀 3 min,65°C 水浴 20 min,
间或混匀。
c. 水样裂解:采用微孔滤膜或者微孔滤纸(
0.22 μm 或者 0.45 μm)过滤水样,水样的用量依据水中微生物的含量而定。
然后将微孔滤纸或者滤膜剪碎之后加入 600 μl Buffer CZ 和 60 μl Buffer SDS,振荡混匀 3 min,65°C 水浴 20 min,间
或混匀。
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加入裂解液之后充分振荡土样,使其呈现匀致状态。
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裂解过程间或混匀,使其充分裂解。
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若粪便样本为液态状,加入 200 μl 样品到离心管中,然后按照固态粪便裂解方法进行裂解。
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若水样比较浑浊,可以将水样低速离心,然后取上清再进行微孔滤膜过滤。
2.
12000 rpm室温离心3 min,吸取上清至一干净2 mL的离心管中。
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如需得到无 RNA 的 DNA,可在水浴后加入 20 μl RNase A (10 mg/mL),混匀后室温放置 3-5 min。
3.
加入上清1/4体积的Buffer SP和200 μl Buffer HTC,漩涡混匀,-20°C放置15 min,间或混匀。
¸
Buffer HTC 是腐殖酸清除剂,使用前将沉淀充分悬浮起来再吸取。
4.
12000 rpm室温离心5 min,吸取上清至一干净2 mL离心管中。
5.
加入900 μl Buffer GA和40 μl PureMag Beads,充分混匀,室温结合3 min,间或混匀。
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向离心管中加 PureMag Beads 之前,请将其充分混匀。
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请务必将 PureMag Beads 加至液面以下,尽量将枪头上残留 PureMag Beads 吸打干净。
6.
将离心管置于磁力架上1 min,待PureMag Beads完全吸至管壁之后,吸弃上清,从磁力架上取出离心管。
¸
吸弃上清前,若管口粘有少量 PureMag Beads,请用上清液将其洗至离心管内,以确保所有 PureMag Beads 吸附至管
壁上。
¸
吸弃上清时,请勿吸入 PureMag Beads,尽量吸净上清。
¸
从磁力架上取出离心管后,若有少量上清,请将离心管置于磁力架上,再次吸取上清。
7.
向离心管中加入700 μl Buffer P3,振荡混匀,将离心管置于磁力架上1 min,待PureMag Beads完全吸至管壁之后,吸
弃上清,从磁力架上取出离心管。
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吸弃上清前,若管口粘有少量 PureMag Beads,请用上清液将其洗至离心管内,以确保所有 PureMag Beads 吸附至管
壁上。
¸
吸弃上清时,请勿吸入 PureMag Beads,尽量吸净上清。
¸
从磁力架上取出离心管后,若有少量上清,请将离心管置于磁力架上,再次吸取上清。
8.
向离心管中加入700 μl 70%乙醇,振荡混匀,将离心管置于磁力架上1 min,待PureMag Beads完全吸至管壁之后,吸
弃上清,从磁力架上取出离心管。
9.
重复步骤8一次,室温开盖干燥15-20 min或者55°C恒温箱开盖干燥5-7 min至管内无液体残留。
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干燥前,请尽量吸净管内的液体。
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干燥前,若出现液体挂壁现象,可将离心管短暂离心之后,再将其置于磁力架上,待所有 PureMag Beads 完全吸至管
壁之后再吸净管内液体。
10. 加入50 μl TE Buffer (pH 8.0),65°C洗脱5 min,间或混匀。
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请将管壁上所有 PureMag Beads 悬浮在 TE Buffer 中。
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根据实验需要可以将 TE Buffer(
pH8.0)用无菌的双蒸水(
pH>7.5)代替。
11. 取出离心管并置于磁力架上1 min,待PureMag Beads完全吸至管壁上之后,吸取上清至新无菌的离心管,即获得基因
组DNA。
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吸取上清前,请确保 PureMag Beads 完全吸至管壁,请勿吸入 PureMag beads,否则影响基因组 DNA 的纯度。
常见问题解答
1.
得率低
a. 土壤样品裂解不充分。土壤样本中加入裂解液之后请务必充分振荡混匀,使其呈匀致状态,否则造成微生物包裹在土壤
颗粒中,造成微生物释放率低,获得基因组 DNA 浓度也偏低。另外,裂解过程间或混匀,使土壤保持悬浮状态。
b. 结合不充分。加入 Buffer GA 和 PureMag Beads 之后,请将其充分混匀,并使 PureMag Beads 处于悬浮状态。
c. 操作过程中丢失 PureMag Beads。结合及洗涤过程中可能有少量的 PureMag Beads 粘在离心管管口上,吸弃上清前请
用少量的上清液清洗管口,使粘在管口的 PureMag Beads 也吸附至管壁上。
d. 洗脱液不合适。洗脱缓冲液的 pH 值对洗脱效率有影响,如果使用水进行洗脱,请确保其 pH 值 > 7.5,pH 值过低可能
导致低洗脱效率。
e. 洗脱过程操作不当。洗脱时请将管壁上所有 PureMag Beads 溶解在 TE Buffer 中。
f.
取样量太多或者太少。请严格按照说明书操作。
2.
获得的DNA溶液有颜色
a. 取样量过多。严格按照说明书操作,如果需要增加土壤用量,可以等比例增加后续实验步骤溶液的用量。
b. 裂解不充分。加入裂解液之后请充分悬浮土壤,保证微生物从土壤颗粒中释放出来,使其裂解更充分。
c. 洗涤不充分。洗涤过程中请充分悬浮磁珠,保证磁珠洗涤干净彻底。
d. 最后一步吸取上清时吸入 PureMag Beads。请确保所有 PureMag Beads 吸至管壁上之后,再吸取上清。如果不小心
吸入 PureMag Beads,请将上清液放回原管,待 PureMag Beads 完全吸至管壁之后重新吸取上清。或者将吸取的 DNA
溶液 10,000 rpm 离心 2 min,再取上清。
3.
获得的DNA条带弥散
a. 土样不新鲜。请拿到土样之后尽快抽提基因组,保证微生物的 DNA 完整性。
4.
DNA样品不纯,抑制或者干扰后续实验反应
a. 乙醇有残留。请吸弃上清后从磁力架上取出离心管,放置 2 min 之后再将离心管置于磁力架上 30 s,吸净管底的液体。
若出现残液的挂壁现象,请短暂离心之后将离心管置于磁力架上 30 s,吸净离心管内的液体。
b. PureMag Beads 洗涤不充分。向离心管中加入 70 %乙醇以后,请充分混匀,使 PureMag Beads 充分悬浮在 70%乙醇
中。
c. PureMag Beads 没有完全干燥。请将 PureMag Beads 完全干燥,保证无乙醇残留。
d. 最后一步吸取上清时吸入 PureMag Beads。请确保所有 PureMag Beads 吸至管壁上之后,再吸取上清。如果不小心
吸入 PureMag Beads,请将上清液放回原管,待 PureMag Beads 完全吸至管壁之后重新吸取上清。或者将吸取的 DNA
溶液 10,000 rpm 离心 2 min,再取上清。
e. 基因组 DNA 加量过多或者未加入 BSA。如果基因组 DNA 浓度过高,请将其稀释至 20 ng/μl ,并在 PCR 反应体系中
加入终浓度为 16 mg/mL BSA。