UC18-SARS-CoV-2-ORF1ab(168bp)所克隆的ORF1ab(168bp)含有中国疾控中心所公布的SARS-CoV-2冠状病毒基因组中开放读码框ORF1ab(open reading frame 1ab,ORF1ab)荧光检测RT-PCR特异性引物(1ab-F: 5'-CCCTGTGGGTTTTACACTTAA-3';1ab-R: 5'-ACGATTGTGCATCAGCTGA-3',该对引物扩增产生119bp片段)扩增所包含区域,该克隆适用于SARS-CoV-2 的特异性检测。
SARS-CoV-2 ORF1大约占整个基因组长度的三分之二,位于病毒基因组5'端,编码病毒复制酶,包括ORF1a和ORF1b。ORF1a和ORF1b分别编码两个多聚蛋白(poly-protein)即pp1a和pp1ab,多聚蛋白产生后,被病毒编码的类胰凝乳蛋白酶(chymotrypsin-like protease,3CLpro )或1-2个类木瓜蛋白酶(papain-like protease,PLP)水解为具有独立生物学功能的十六个非结构蛋白(NSP1-NSP16),其中ORF1a 编码 NSP1-NSP11,而ORF1b编码NSP12-16。
pUC18-SARS-CoV-2-ORF1ab(168bp)质粒的主要信息如下:
Feature Nucleotide | Position |
M13/pUC Forward Primer | 378-395 |
ORF1ab | 405-572 |
Multiple cloning site | 573-594 |
M13/pUC Reverse Primer | 608-625 |
Lac operator | 633-649 |
Lac Promoter | 657-687 |
ColE1 origin of replication(Ori) | 1011-1599 |
Synthetic Beta-lactamase (Ampr) coding region | 1770-2630 |
pUC18-SARS-CoV-2-ORF1ab(168bp)质粒(2830bp)的图谱如下:
pUC18-SARS-CoV-2-ORF1ab(168bp)的多克隆位点的详细图谱见
pUC18-SARS-CoV-2-ORF1ab(168bp)中没有的酶切位点(Restriction enzymes that do not cut pUC18-SARS-CoV-2-ORF1ab (168bp))包括:
AflII
AccI | AfeI | AgeI | AleI | ApaI | AscI | |
AsiSI | AvrII | BaeI | BbsI | BbvCI | BfuAI | BglII |
BlpI | BmgBI | BmtI | Bpu10I | BsaAI | BsaBI | BseRI |
BsgI | BsiWI | BsmFI | BsmI | BspDI | BspEI | BspMI |
BsrGI | BssHII | BstBI | BstEII | BstXI | BstZ17I | Bsu36I |
BtgI | BtgZI | ClaI | CspCI | DraIII | EagI | EcoNI |
EcoRV | FseI | HincII | HpaI | MfeI | MluI | MscI |
NaeI | NcoI | NgoMIV | NheI | NotI | NruI | NsiI |
PacI | PaeR7I | PflFI | PflMI | PmeI | PmlI | PpuMI |
PshAI | PsiI | PspOMI | PspXI | PstI | RsrII | SacII |
SalI | SbfI | SexAI | SfiI | SgrAI | SnaBI | SpeI |
SphI | SrfI | StuI | StyI | SwaI | Tth111I | XbaI |
XcmI | XhoI |
pUC18-SARS-CoV-2-ORF1ab(168bp)中的单酶切位点(Restriction enzymes that cut pUC18-SARS-CoV-2-ORF1ab(168bp))包括:
AatII | G,ACGT`C | 2761 | EcoO109I | RG`GNC,CY | 2819 |
Acc65I | G`GTAC,C | 282 | EcoRI | G`AATT,C | 594 |
AflIII | A`CRYG,T | 950 | HindIII | A`AGCT,T | 399 |
AhdI | GACNN,NN`NGTC | 1842 | KasI | G`GCGC,C | 235 |
AlwNI | CAG,NNN`CTG | 1363 | KpnI | G,GTAC`C | 586 |
ApoI | R`AATT,Y | 594 | NarI | GG`CG,CC | 236 |
AvaI | C`YCGR,G | 578 | NdeI | CA`TA,TG | 184 |
BamHI | G`GATC,C | 573 | NmeAIII | GCCGAG(N)19,NN` | 1900 |
BanII | G,RGCYC | 588 | PciI | A`CATG,T | 950 |
BcgI | ,NN`(N)10CGA(N)6TGC(N)10,NN` | 2346 | PluTI | G,GCGC`C | 235 |
BclI | T`GATC,A | 501 | SacI | G,AGCT`C | 592 |
BpmI | CTGGAG(N)14,NN` | 1911 | SapI | GCTCTTCN`NNN, | 834 |
BsaI | GGTCTCN`NNNN, | 1904 | ScaI | AGT|ACT | 2323 |
BsaXI | ,NNN`(N)9AC(N)5CTCC(N)7,NNN` | 792 | SfoI | GGC|GCC | 237 |
BseYI | C`CCAG,C | 1254 | SmaI | CCC|GGG | 580 |
BsoBI | C`YCGR,G | 578 | SspI | AAT|ATT | 2647 |
BspQI | GCTCTTCN`NNN, | 834 | TspMI | C`CCGG,G | 578 |
BsrFI | R`CCGG,Y | 1923 | XmaI | C`CCGG,G | 578 |
BstAPI | GCAN,NNN`NTGC | 182 | XmnI | GAANN|NNTTC | 2442 |
Eco53kI | GAG|CTC | 590 | ZraI | GAC|GTC | 2763 |
pUC18-SARS-CoV2-ORF1ab(168bp)质粒中推荐使用的测序引物序列如下:
M13 fwd(378-395): 5'- TGTAAAACGACGG CCAGT -3'
M13 rev (608-625): 5'- CAGGAAACAGCTATGACC -3'
pUC18-SARS-CoV-2-ORF1ab(168bp)的全序列信息:D2953 pUC18-SARS-CoV2-ORF1ab(168bp)序列.txt。
包装清单:
产品编号 | 产品名称 | 包装 |
D2953-1μg | pUC18-SARS-CoV-2-ORF1ab(168bp) | 1μg |
D2953-100μg | pUC18-SARS-CoV-2-ORF1ab(168bp) | 100μg |
— | 说明书 | 1份 |
保存条件:
-20℃保存。
注意事项:
本质粒未经书面许可不得用于任何商业用途,也不得移交给订货人所在实验室外的任何个人或单位。
本产品仅限于专业人员的科学研究用,不得用于临床诊断或治疗,不得用于食品或药品,不得存放于普通住宅内。
为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。