1. 如果有 N 个样品,标记 N+2 个 1.5-2 mL 螺旋盖塑料离心管(如 Sarstedt,多出的一个为阳性对照,一个为阴性对照。为避免污染,建议不要使用压盖式塑料离心管。在每个管上做个标记,以在后续操作时区别向心面和离心面。然后在离心管中分别加入 0.2 mL 液体样品(血清、血浆、尿液、脑脊液、唾液、眼泪等等),阳性对照和阴性对照。
1.3、 如果血液,细胞培养液等含细胞的液体,可以离心用上清,也可以直接取用,但后者提取的病毒 DNA 中会有少量细胞的基因组 DNA 污染(但不影响 PCR)。血浆的抗凝剂必须是 EDTA 或 ACD,不能是肝素。使用ACD 时由于所加入 ACD 会增加体积,样品会被稀释,得到的病毒滴度会比使用 EDTA 低 15%左右。血浆最好按 0.6mL/管的量分装保存,以避免反复冻融。
1.4、 如果样品是实体组织或培养细胞,则需要在自备生理盐水中匀浆后离心,用 0.2mL 上清液(含病毒)进行提取,但此种情况下最后得到的病毒DNA 不可避免的会含有少量基因组 DNA 污染(但不影响 PCR 检测)。
1.5、 如果液体样品中的病毒需要富集,可以使用 1.5 mL 上述方法得到的液体在 4℃ 24,000 g 冷冻离心 60 分钟, 移弃 1.3 mL、用剩下的 0.2mL 继续操作。
2. 加入 0.6 mL DNA 病毒裂解液到各离心管中,振荡 30 秒混匀后室温放置 10 分钟裂解病毒。注意:DNA 病毒裂解液在 4℃放置后可能会产生沉淀,使用前必须放在 65℃水浴使沉淀彻底溶解并充分摇匀后再取用。
3. 加入 0.8mL 上柱结合液到离心管中,颠倒混匀后转移一半的混合液(0.8mL)到离心吸附柱中,室温放置 2 分钟。
4. 12,000 rpm 室温离心 1 分钟,弃收集管中的穿透液,把离心吸附柱放回到收集管中。
5. 将剩余的另外一半裂解液(0.8mL)转移到离心吸附柱中,室温放置 2 分钟。
6. 12,000 rpm 室温离心 1 分钟,弃收集管中的穿透液,把离心吸附柱放回到收集管中。
7. 加入 0.7 mL 通用洗柱液到离心吸附柱中,12,000 rmp 室温离心 1 分钟,弃收集管中的穿透液,把离心吸附柱放回到收集管中。
8. 加入 0.3 mL 通用洗柱液到离心吸附柱中,12,000 rmp 室温离心 1 分钟,弃收集管中的穿透液,把离心吸附柱放回到收集管中。此为第二次洗涤,可以跳过。
9. 12,000 rpm 室温离心 1 分钟(干甩),弃含穿透液的离心管。
10. 将干甩后的离心吸附柱套入到一个自备的 RNase-free 的 1.5 mL 离心管中,在离心吸附柱的滤膜的中部加入 30-100 uL DNA 洗脱液 3.0,然后室温放置 2 分钟。
11. 12,000 rpm 室温离心 1 分钟,离心管中的溶液即为病毒 DNA 溶液。
12. DNA 样品可以直接用于 PCR,也可放-20℃长期保存。
注:病毒提取的核酸量远不足以电泳检测,提取后可通过 PCR 检测,最终灵敏度可以达到 30-50 拷贝/mL。
Q:提取液体样品/病毒核酸(RNA 或 DNA)为何很难?
A:原因一是量少。病毒颗粒中的 RNA 或 DNA 是作为遗传物质保存,每个病毒最多
只携带几个拷贝(而一个细胞中有上万种 RNA 分子,每种 RNA 有很多拷贝),同时
其长度也十分有限(一般不到细胞基因组的万分之一),样品中病毒数往往又不是很
多,使得样品中病毒核酸的绝对量往往比一个细胞中核酸的绝对量还少,所以操
作中十分容易丢失。另外,由于得到的核酸绝对量很少,不能使用电泳和测 OD
检测,只能通过 PCR 或 RT-PCR 检测,而 PCR 或 RT-PCR 的条件又需要优化,
所以要确定提取是否成功十分不容易。