STR（Short Tandem Repeat，短串联重复序列）基因位点由长度为3-7个碱基对的短串连重复序列组成，这些重复序列广泛存在于人类基因组中，可作为高度多态性标记，被称为细胞的DNA指纹，其可通过PCR（聚合酶链式反应）来检测。
STR基因座上的等位基因可通过扩增区域内重复序列的拷贝数的不同来区分，在毛细管电泳分离之后可通过荧光检测来识别。随后通过一定的计算方法，即可根据所得的STR分型结果与专业的细胞STR数据库做比对，从而推算出样品所属的细胞系或可能存在的交叉污染的细胞系名称。
STR分型图谱
根据实际PCR扩增后检测到的片段长度和分型信息，会得到该细胞STR检测结果的峰图。一般而言，人源细胞或小鼠细胞STR图谱上，一个基因位点只会出现1个或2个峰，即纯合和杂合。一个基因位点出现3个及以上峰称为多等位基因，当结果中出现大于或等于3个多等位基因提示可能存在同源物种交叉污染；存在1-2个多等位基因可能源于细胞变异,不视为污染。但要注意也可能是三倍体等多倍体突变现象。
图1. 该人源细胞分型结果良好，无人源细胞交叉污染。其20个位点全部出单(纯合)或双峰(杂合)
STR位点信息
根据鉴定得到的细胞STR位点信息可在ExPASy细胞数据库中进行比对，数据来源包括ATCC，DSMZ，JCRB 等细胞库以及文献和资料记载。
在检测结果有效的前提下，将受检细胞系的STR位点的基因分型数据与其对应的标准STR 基因分型数据进行比对，其匹配度与鉴定结果关系如下：
| 匹配度 | 鉴定结果 |
|---|---|
| ≥80% | 为标准细胞系或为标准细胞系的衍生细胞系 |
| 55%-80% | 结合细胞系形态、细胞系特异性标记物等做辅助分析并进行综合判断 |
| ≤55% | 与其对应的标准细胞系不相关 |
细胞种属鉴定
若需解决人及部分小鼠以外种属细胞无法采用STR鉴定进行检测的问题，以及种属间细胞交叉污染的问题，可采用细胞种属鉴定方法。通过提取细胞DNA，用种属荧光复合引物MIX对动物线粒体COI基因进行扩增，然后用遗传分析仪对扩增产物进行毛细管电泳检测和分析的方法，快速准确地判断检测细胞的种属以及是否存在不同种属的交叉污染。
这种方法主要通过对应位置出峰来判断是否为该种属。需要注意的是，10-18S位点必须出峰，若未出峰，则表明扩增失败。若细胞出现多峰，则表明该细胞存在交叉污染。
图2. 扩增结果显示为猪细胞，且无其他种属细胞交叉污染
